es privilèges de l'Université sont nombreux et datent de sa fondation au 13ème siècle. Mais au-delà de toutes les exemption de taxes ou libéralités fiscales, il est un privilège d'importance capitale : c'est celui du droit de Justice. Les étudiants et leurs maîtres ne dépendent pas des tribunaux royaux ou ecclesiastiques classiques. Ils ont le privilège d'être jugés par leurs pairs. On imagine assez bien la mansuétude de ceux-ci. Ce droit fut défendu par l'Université dès sa fondation et donna lieu à des conflits avec le pouvoir royal. Dans le cas d'une atteinte grave à ces privilèges, l'Université décidait de faire grève ou de quitter Paris (voir plus haut) . Le plus souvent le roi cèdait sous la pression de la rue, car les prêcheurs formés par le collège de Théologie n'assurant plus leur office, la population entière de Paris menaçait de se soulever. En 1407, Guillaume de Tignonville, Prévôt du Roi dut faire publiquement amende honorable et baiser sur la bouche le cadavre d'un étudiant qu'il avait eu l'outrecuidance de faire pendre sans passer par la décision des autorités universitaires.

Sous François 1er, le conflit de pouvoir continue. L'université est toujours jalouse de ses privilèges, mais le pouvoir royal tend à s'imposer, et grâce au Concordat, le Roi a le pouvoir de distribuer ce qui faisait l'enjeu de toutes les convoitises : les postes et bénéfices ecclesiastiques. Reste un pouvoir moral et théologique. Pour s'imposer François 1er devra exiler les docteurs de théologie, et en particulier l'infatigable Noel BEDA . qui osera s'attaquer directement à la soeur de Françoi, Marguerite de Navarre, et finra sa vie dans une cellule du Mont St Michel.