ien des causes amènent à repousser ce concile général. L'accroissement du pouvoir de Charles Quint qui tente de réunifier l'Allemagne inquiète François 1er. Alors qu'il pourchasse l'hérésie dans son propre royaume, le roi de France devient l'allié des princes protestants de la Ligue de SMALKADE, et il les incite à rejeter toute réconciliation. Charles Quint porte lui-même une certaine responsabilité : il est persuadé qu'il s'agit d'une perte de temps et qu'il suffit d' organiser une conférence en allemagne entre les deux partis opposés. Quelques petits arrangements avec la liturgie seront bien suffisants, pense-t-il. Quelques années seront nécessaires pour que Charles Quint arrive à comprendre la radicalité du conflit entre Catholiques et Protestants , et qu'il ne s'agit pas que d'une querelle passagère et formaliste. En attendant, PAUL 3 s'occupe de la remise en ordre de la cour papale. Il va payer une commissions chargée de répertorier tous les abus. Il réforme la chambre apostolique, le tribunal de la Rota, le Pénitentiaire, et la chancellerie. Il accroît ainsi le pouvoir de la papauté en faisant l'économie d'un concile pour effectuer ce travail. En ce qui concerne la politique extérieure, il agit en toute neutralité entre les grands, et défend l'intégrité de l'Italie. Il n'en oublie pas pour autant les intérêts de sa propre famille en constituant un Duché à l'usage de son fils, Pierre-Louis. Mais un conflit se crée entre lui et Gonzague, le gouverneur impérial de Milan. Il aboutit à l'assassinat de Pierre-Louis et la perte de Piacenza et Parme au détriment des Etats du Pape.

Lorsque le traité de Crépy en laonnois (18 Sept 1544) met fin à la guerre entre Charles Quint et François 1er, PAUL 3 prend la décision de réunir un concile. Mais les protestants refusent s'il est présidé par le Pape. Charles Quint se décide alors à mettre à raison les princes protestants qui menacent sa domination sur l'Allemagne. PAUL 3 aide financièrement la campagne militaire à hauteur de 300.000 ducats et 20.000 hommes d'infanterie, à la condition que Charles Quint ne négocie aucune paix secrète avec les luthériens ou ne passe un accord qui soit préjudiciable à la chrétienté romaine. Ce n'est que lorsque Charles aura vaincu militairement les Princes allemands qu'il s'apercevra que vaincre les prêcheurs de l'hérésie n'est plus possible par la force. Il se résignera alors à la réunion d'un concile, mais un concile où il ne serait question que de renforcer la discipline, et non pas de trancher du point de vue du dogme religieux. Le désaccord est total sur ce point avec le Pape. Le Concile de TRENTE tient sa première réunion le 13 Décembre 1545. Il se réunit sept fois, jusqu'en Mars 1547. Contrairement au souhait de l'Empereur, les questions les plus brûlantes sur la foi et la discipline sont débattues et laisseront une marque importante dans l'histoire de l'Eglise. Mais le concile est ajourné pour causes diverses, dont celle d'une Peste, et renvoyé à Bologne. Mais quinze prélats, favorables à la cause de l'Empereur refusent de quitter la ville. Charles Quint demande le retour du concile sur le territoire Allemand. Les délibérations reprennent cependant à Bologne, mais le 21 avril, PAUL 3 est finalement dans l'obligation de l'ajourner pour ne pas avoir à faire façe à un nouveau schisme germanique. Le concile avait cependant eu le temps de donner des réponses précises sur le plan théologique et disciplinaire, bien qu'elles n'aient pas eu l'agrément de l'Empereur. Leur brouille va durer jusqu'à la mort du Pape. PAUL 3 meurt soudainement, à 82 ans, le 15 Avril 1549. Il est enterré dans la Basilique St Pierre. Sa tombe, dessinée par Michel-Ange est réalisée par Guglielmo della Porta. Il laisse derrière lui une Eglise qui commence à reprendre de l'autorité et de la crédibilité, bien que sa propre vie n'ai pas été exempte de reproches. Le concile de TRENTE, l'émergence de nouvelles congrégations parmi lesquelles les Jesuites, les Theatins, les Ursulins, les Capucins, les Barnabites, et d'autres encore... le démontrent. Il laisse aussi une ville embellie et transformée par des artistes et des architectes au renom éternel, tel Michel-Ange, pour n'en citer qu'un.